C’est obligatoire, c’est pour bientôt, et ça vaut le coup d’anticiper.
La pharmacie a des spécificités réelles (tiers payant, flux AMO/AMC, grossistes-répartiteurs, logiciels métier) qui méritent qu’on s’y attarde.
Faisons ça ensemble !
Pharmacie et facturation B2B : de quoi parle-t-on exactement ?
Premier point important à clarifier : la réforme sur la facturation électronique concerne les flux B2B (entre entreprises assujetties à la TVA).
Elle ne s’applique pas directement à vos ventes au comptoir aux patients. Ces flux-là restent hors du périmètre de la dématérialisation obligatoire.
En revanche, vos flux B2B sont bien concernés, et ils sont nombreux en pharmacie :
- Vos ventes B2B (entreprises, rétrocessions…)
- Vos achats auprès des grossistes-répartiteurs, et directs aux laboratoires
- Vos achats de matériels, consommables, mobilier auprès de fournisseurs professionnels
- Vos différents prestataires (cabinet comptable, avocat, prestataires de services…)
- Vos éventuelles prestations inter-officines (groupements, SEL, SPFPL…)
Autrement dit, même si votre activité principale est tournée vers le grand public, votre gestion des approvisionnements et de la chaîne fournisseur est pleinement dans le scope de la réforme.
Les grossistes-répartiteurs : vos premiers interlocuteurs à mobiliser
Les grossistes-répartiteurs représentent l’essentiel de vos flux d’approvisionnement.
Bonne nouvelle, ces acteurs sont de taille suffisante pour être dans la première vague d’obligation. Ils devront émettre des factures électroniques conformes dès le 1er septembre 2026.
Vous devrez donc être en mesure de recevoir leurs factures dans un format structuré (Factur-X, UBL ou CII) via une plateforme agréée. Si vous ne choisissez pas votre plateforme de dématérialisation à temps, vous ne pourrez tout simplement plus traiter leurs factures normalement.
Action concrète :
Renseignez-vous dès maintenant auprès de votre cabinet comptable pour choisir la plateforme la plus adaptée pour votre activité.
Tiers payant, AMO, AMC : ces flux ne sont pas concernés… mais restez vigilants
Les remboursements de l’Assurance Maladie Obligatoire (AMO) et des mutuelles (AMC) ne relèvent pas de la facturation électronique au sens de la réforme. Ces flux sont régis par des normes propres à la santé (NOEMIE, flux SESAM-Vitale, protocoles EDESS…) qui ont leur propre cadre réglementaire.
Pas de panique, donc.
Votre tiers payant ne va pas être chamboulé par la réforme de la DGFiP.
En revanche, deux points de vigilance subsistent :
- La TVA doit être correctement renseignée dans vos factures électroniques sortantes (notamment pour les ventes aux établissements de santé ou aux EHPAD).
- L’e-reporting vous concerne. Vous devrez transmettre à l’administration fiscale des données de synthèse sur vos opérations. Renseignez-vous auprès de votre cabinet comptable à ce sujet.
Votre LGO est-il prêt ? Le nerf de la guerre
C’est probablement la question la plus pratique et la plus urgente.
Votre logiciel de gestion d’officine (LGO) est au cœur de tout. C’est lui qui gère vos commandes, vos stocks, votre facturation.
S’il n’est pas compatible avec les formats de facturation électronique exigés, vous allez dans le mur.
-> Quelle que soit votre LGO : une mise à jour ne suffit pas. Il faut aussi vérifier que votre contrat de maintenance est actif et que vous êtes dans le périmètre des évolutions incluses. Certains éditeurs feront payer ce chantier en supplément.
La pratique de la TVA au sein de la pharmacie d’officine : un sujet à ne surtout pas négliger
La France applique plusieurs taux de TVA sur les produits pharmaceutiques.
Dans le cadre de la facturation électronique, ces taux doivent être renseignés de façon structurée et non ambiguë dans les champs dédiés du format de facture.
La pharmacie est l’un des rares secteurs avec plusieurs taux différents sur un même bon de commande.
Votre LGO doit gérer cette granularité correctement.
On va encore plus loin dans l’article suivant
Choisir sa PA quand on est pharmacien, gérer les cas complexes (SEL, SPFPL, groupements d’achats), préparer concrètement la transition avec votre équipe…
→ À lire : « Pharmacien : comment choisir sa plateforme et réussir sa transition vers la facture électronique »
Vous voulez faire le point sur votre situation ?
Chez HYGIE Conseils, nous accompagnons des pharmaciens d’officine au quotidien. Nous connaissons vos contraintes, vos outils, et les spécificités comptables et fiscales de votre secteur.
